La organización del Centro Juan XXIII está compuesta por sus Núcleos, el Equipo de Coordinación y por Equipos de trabajo:
NUCLEOS
Grupo de miembros que se cohesionan para seguir un Proceso de Formación, discusión y análisis de temas de actualidad para la elaboración de conclusiones y propuestas que contribuyan al bien común de la sociedad.
La estructura del núcleo esta compuesta por el Coordinador de Núcleo, un Secretario de Núcleo y sus miembros.
EQUIPO DE COORDINACION
Grupo compuesto por diversos miembros de Núcleos, que tiene la responsabilidad de evaluar el progreso de los diferentes núcleos, establecer los temas de actualidad que se deben discutir, elaborar conclusiones formales de la organización, coordinar todas las actividades para el desarrollo de la organización con miras a alcanzar el logro de las metas y objetivos de la organización.
La estructura del Equipo de Coordinación está compuesta por el Director del Equipo de Coordinación, un Secretario, un Tesorero, los Coordinadores de Núcleos y varios miembros adicionales de núcleo.
EQUIPOS DE TRABAJO
Grupo que se forma para llevar a cabo tareas especificas que se determinen necesarias para alcanzar objetivos específicos. La formación de los grupos ad hoc puede tener una variable cantidad de miembros al igual que una variable de tiempo de existencia, dependiendo de las tareas que se quieren lograr.
Los Equipos de Trabajo se desenvuelven en las diferentes áreas como son: Comunicación Interna, Finanzas, Logística, Formación, Promoción/Expansión y Comunicación Externa.